Базовые научно-исследовательские институты Механико-математического факультета НГУ:
- Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН
 - Институт вычислительных технологий СО РАН
 - Институт гидродинамики им. М.А. Лаврентьева СО РАН
 - Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН
 - Институт систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН
 - Институт теоретической и прикладной механики им. С.А. Христиановича СО РАН
 
Механико-математический факультет НГУ сотрудничает со следующими научно-исследовательскими институтами:
- Институт автоматики и электрометрии СО РАН
 - Институт горного дела им. Н.А. Чинакала СО РАН
 - Институт катализа им. Г.К. Борескова СО РАН
 - Институт нефтегазовой геологии и геофизики им. А. А. Трофимука СО РАН
 - Институт теплофизики им. С.С. Кутателадзе СО РАН
 - Институт цитологии и генетики СО РАН
 - Институт экономики и организации промышленного производства СО РАН
 - Институт ядерной физики им. Г.И.Будкера СО РАН
 - Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН
 - Научный центр клинической и экспериментальной медицины СО РАМН
 
